Isso porque sua principal inovação foi o artigo 59 que, inicialmente, obrigava que a eleição e a destituição do Presidente, a alteração do Estatuto e a aprovação de contas fosse feita pela Assembléia Geral de todos os associados; ou seja, a redação original do artigo 59 era verdadeira "diretas já" para os clubes.

A calorosa discussão sobre a aplicação ou não desse artigo aos clubes deu-se em virtude da existência do artigo 217 da Constituição Federal, que concede às entidades desportivas autonomia para organização e funcionamento.

A polêmica foi tão grande que o próprio Dr. Carlos Miguel Cástex Aidar, ex-presidente da OAB/SP, em oportunidades diversas manifestou-se diferentemente. Quando defendia a possibilidade de uma lei ordinária, como o Código Civil, poder determinar que as entidades se transformassem em empresas, escreveu artigo dizendo que essa autonomia não é irrestrita ou ilimitada (Revista do IASP, ano 1, nº2, julho-dezembro - 1998). Posteriormente, publicou artigo no site "consultor jurídico" tratando do mesmo diploma, quando afirmou que

"... os três artigos do Código Civil (59, 2031 e 2033) não se aplicam às entidades de prática desportiva, que gozam de autonomia peculiar conferida pela Constituição Federal, para definir sua organização e funcionamento".

O Professor Ives Gandra da Silva Martins também teve a oportunidade de se manifestar sobre o tema, em Parecer elaborado a pedido de Conselheiro do Club Athletico Paulistano em outubro de 2003, onde concluiu que não se aplica o artigo 59, inciso I, do C.C. às entidades desportivas por força do artigo 217, inciso I, da Constituição Federal.

O atual Ministro do Supremo Tribunal Federal Gilmar Mendes também discorreu sobre o tema, afastando a tese de não aplicabilidade do artigo 59 do Código Civil às entidades de prática desportiva ("Tendências e Expectativas do Direito Desportivo", in Direito Desportivo, Editora Jurídica Mizuno).

Existiu também uma ADIN sobre o tema, a de nº 3045, que, por decisão unânime do STF perdeu o objeto quando da promulgação da Lei 11.127/05 que alterou parcialmente o artigo 59 do Código Civil.

Ainda, antes da perda do objeto da ação já havia sido proferido extenso e fundamentado voto do Relator, o Ministro Celso de Mello, que julgou improcedente a ação, declarando a plena constitucionalidade do artigo 59 do Código Civil, acolhendo as manifestações do Advogado Geral da União e do Procurador Geral da República.

Assim, devido à tamanha polêmica e pressão dos entes associativos, editou-se em 28/06/05 a Lei 11.127 que alterou parte do artigo 59 do Código Civil, mantendo-se apenas como competência exclusiva da Assembléia Geral a destituição dos administradores e a alteração do Estatuto.

Apesar da discussão sobre a aplicabilidade ou não dos artigos do Código Civil persistir, em função do disposto no artigo 217 da Constituição, diminuiu-se a preocupação dos "cartolas", principalmente daqueles já há algum tempo estão no poder e são eleitos pela via indireta, na medida que o Estatuto da entidade continuará a determinar como deverá ser o processo eleitoral.

Enquanto isso, podem os associados apenas lutar internamente por mais espaço e poder na sua entidade, cobrando os atuais mandatários para que reformem o Estatuto e permitam o voto direto para Presidente.